Según cuenta la Primera Crónica General, a finales del verano de 1246 Fernando III el Santo tenía su ejército en el valle medio del Guadalquivir y conquistó una serie de localidades musulmanas, entre ellas Alcalá de

Guadaíra. El 21 de septiembre de este año (festividad de san Mateo, patrón de la ciudad) se toma como fecha de incorporación de la villa a la Corona de Castilla y el inicio de una nueva etapa en la historia de Alcalá.

Como era habitual en estos casos, cuando se conquistaba una ciudad se convertía su mezquita mayor en iglesia y por la profunda devoción que tenía el Santo Rey a la Virgen María era costumbre dedicarla a Ella.

La mezquita de Alcalá de Guadaíra no fue una excepción, y fue convertida en iglesia con la advocación de Santa María del Castillo, inicialmente y según refiere en sus Memorias Históricas Leandro José de Flores, para posteriormente intitularse Santa María del Águila:

«La Iglesia de Santa María se llamó en lo antiguo de nuestra Señora del Castillo, y hoy se llama del Águila, por las tradiciones que dice Pedro Serrano, de haber estado mucho tiempo un Águila sin poderla apartar de sobre esta Iglesia. Se puede presumir que la primitiva estaría en el arco, junto a la Torre-Mocha, donde hay un altar con Águila pintada y aún conservó forma de capilla hasta nuestros tiempos, discurriéndose también, si en el mismo sitio estaría oculta la Imagen de nuestra Señora en tiempo de los Moros. Lo moderno de esta parte del castillo, debilita algún tanto la presunción; la torre de la Iglesia actual hasta las campanas denota ser fábrica de Moros, y la capilla mayor y otros sitios manifiestan ser de arquitectura antigua inmediata a aquellos tiempos».

Una vez incorporada Alcalá a la Corona castellana, comenzaba una difícil repoblación de la que tenemos escasos datos, pero que a finales del siglo XIII y comienzos del XIV daría signos de consolidación por la fundación de una nueva iglesia, la de San Miguel, en el arrabal de la villa, al sur del alcor, y a mediados del XIV ya se tiene constancia de la fundación de una tercera iglesia, con advocación de Santiago, al final de la cuesta que sube a la fortaleza alcalareña y expansión urbana natural de la villa hacia el este.

A finales del siglo XIV o comienzos del XV se funda la cuarta iglesia parroquial, dedicada en esta ocasión a Sebastián, que conforma la cuarta y última iglesia parroquial fundada en la ciudad antes del siglo XX y su gran expansión demográfica, que conllevaría la fundación de otras iglesias para vertebrar los nuevos espacios urbanos aparecidos desde los años cincuenta del siglo pasado.

Así, la Alcalá cristiana fue creciendo en torno a su iglesia mayor de Santa María del Águila (actualmente Santuario de Nuestra Señora del Águila), enclavada en el centro del complejo fortificado y cuyo casco urbano primitivo ha desaparecido por completo, quedando solamente sus restos visibles en época del Padre Flores a comienzos del siglo XIX.

De esta manera, cuatro parroquias organizaron la vida religiosa de los alcalareños hasta el siglo XX, y se convirtieron en espacios de espiritualidad y devoción.