El ejercicio de su ministerio eclesiástico lo compaginó siempre con su vocación de historiador. Sus Memorias históricas de la villa de Alcalá de Guadaíra representaron el primer intento de escribir la historia de Alcalá, después del precedente de Pedro León Serrano en el siglo XVIII. Para escribirlas, el Padre Flores se basó, sobre todo para los dos primeros cuadernos, en las obras de Rodrigo Caro, Diego Ortiz de Zúñiga y Pedro León Serrano; para los otros cuatro cuadernos que completan la obra utilizó fundamentalmente todo el material elaborado por su padre, a lo que añadió, lógicamente, las noticias que vio y oyó durante su prolongada vida. Previo a la primera edición de 1833, hubo un intento en el año 1814, según consta en una nota de la "Advertencia preliminar" que figura en el manuscrito autógrafo y que nunca se ha transcrito. De los cinco tomos en cuarto y otros varios papeles que quedaron protocolados en la escribanía pública de Manuel del Trigo y Sánchez, con fecha 17 de agosto de 1832, sólo se conservan tres en la biblioteca personal de Manuel del Trigo Campos.

- Noticias varias de la collación de San Roque, extramuros de esta ciudad de Sevilla, que ha reunido un afecto, y las publica en honor de su ilustre vecindario. Sevilla, Imprenta Real, 1817.  Sevilla. Biblioteca General Universitaria, Mont. 08/4/16. Sevilla, Servicio de Publicaciones del Excmo. Ayuntamiento, 1995 (Facsímil de la edición de Sevilla, Imprenta Real, 1817).

- Memorias históricas de la villa de Alcalá de Guadaíra. Manuscrito (Autógrafo), 1823. Alcalá de Guadaíra. Biblioteca personal de Manuel del Trigo Campos. Sevilla, Imp. de Don Mariano Caro, 1833-1834. Cambridge (Massachussetts). Harvard University.- Londres. British Library, 795. c.- Madrid. Biblioteca Nacional, 1/1996.- Nueva York. Hispanic Society of America.- Sevilla. Biblioteca de Filología, Ha/3661 y 9/4442 y Biblioteca General Universitaria, 61/16 y Mont. 05/6/09.