La entrada en vigor del Plan Económico-Financiero de la Universidad de Huelva 2014-2017 obligó a una reestructuración de su Mapa Departamental (C.G. 09/05/16). Los Departamentos de Biología Ambiental y Salud Pública, Física Aplicada y Matemáticas, los tres con sede en la Facultad de Ciencias Experimentales, fueron «integrados» en un único departamento, a excepción del Área de Salud Pública, que se incorporó al Departamento de Sociología, Trabajo Social y Salud Pública. El 18/04/16 se constituyó el nuevo departamento con la denominación provisional de Departamento de Biología, Física y Matemáticas. En consejo de departamento de 06/05/16 se acordó su denominación actual: Departamento de Ciencias Integradas.

El Departamento cuenta con las siguientes áreas: