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Juan Aurelio Pérez Macías comenzó su labor docente e investigadora en la Universidad de Huelva en 1994 y la ha desarrollado durante 30 años, hasta el curso 2023-2024. Los trabajos del profesor Pérez Macías se han centrado en el estudio de la minería y la metalurgia en la Faja Pirítica Ibérica en los últimos cuatro milenios, destacando los realizados sobre el principal fósil guía de la actividad metalúrgica: las escorias o fayalitas.

Así, ha demostrado que la presencia de las escorias de sílice libre suponen en el Suroeste Ibérico el comienzo de un proceso metalúrgico que se generalizará en el Bronce Final, con la producción de plata en época tartésica, pero que se seguirá documentando hasta el siglo IV d.C. Ejemplo de ello son los materiales encontrados en yacimientos como Monte Romero, Aznalcóllar, Tharsis, Lagunazo, La Joya o la Cuenca Minera de Riotinto.

Para época protohistórica hay que destacar sus investigaciones sobre crisoles-hornos, realizadas con Timoteo Rivera y Eduardo Romero, así como los trabajos sobre metalurgia fenicia realizados en la última década en Ayamonte, junto a Cabaco, García, Marzoli y Schattner.

Por lo que se refiere a la época medieval, hay que destacar las investigaciones realizadas por el profesor Pérez Macías sobre el mundo visigodo, tan poco conocido aún en la provincia de Huelva. De época islámica son muy destacables sus estudios sobre metalurgia y minería, que hasta entonces poco o nada habían interesado a los investigadores, tanto en la Faja Pirítica, a ambos lados de la Raya, como en el Norte de África. A ello hay que añadir sus trabajos sobre el poblamiento andalusí del territorio onubense, que continúan con otros sobre los siglos bajomedievales. Asimismo, ha desarrollado importantes estudios sobre las fortificaciones señoriales del ámbito onubense, en colaboración con el profesor Carriazo.

Su amplio conocimiento de la actividad minera y metalúrgica le ha llevado a participar en los expedientes para la Declaración de Bien de Interés Cultural de las Cuencas de Tharsis y Riotinto, acercándose a la arqueología industrial, participando en diversas publicaciones sobre esta temática y dirigiendo en 2021 una tesis sobre Hidrometalurgia del cobre en Riotinto.