La historia del lugar donde se encuentra situado el Faro de Trafalgar, se remonta a miles de años. En la antigüedad, cuando aún no se llevaba a cabo la navegación de altura, las únicas rutas de comercio por mar eran de costeo y por ello la señalización de los accidentes geográficos de las costas eran fundamentales para el comercio fenicio y griego. Trafalgar era punto de obligado paso en las rutas hacia Gades, Hispalis y Onuba especialmente, como primeros puertos del comercio entre el Mediterráneo y el resto de la costa atlántica de Europa.
En esta punta del Golfo de Cádiz, ya en época romana, existía un templo dedicado al dios Juno, el cual incluía un altar para sacrificios en su honor y que hoy se encuentra sumergido bajo las aguas del cabo. Lo cierto es que a finales del XIX (1874) se construye el antiguo Faro de Trafalgar sobre este templo, utilizando para ejecución los materiales del templo y la pila de sacrificios.
En la Edad Media, durante la colonización musulmana, el promontorio donde se encuentra el faro fue bautizado como el de Trafalgar que significa “promontorio de la cueva”. Allí en el siglo IX los musulmanes construyeron una torre de almenara cuyos restos perduran junto al faro. Parte de esta torre fue derribada en 1860 y sus restos materiales sirvieron para la construcción del faro actual, dentro del Plan de alumbrado de las costas Españolas llevado a cabo por el General Espartero y formando parte del sistema defensivo del litoral. La zona fue reconquistada por el duque de Medina Sidonia y pasó a ser zona fronteriza con el reino de Granada.
A comienzos del siglo XIX, más concretamente en 1805, tuvo lugar la famosa Batalla de Trafalgar, entre las flotas inglesa y franco-española. Este hecho dio nombre internacional al lugar, y ha sembrado de pecios los fondos de la zona.
El faro actual data de 1860, año en el que se concluyó el proyecto que comenzó Eduardo Saavedra en 1857. El faro constaba en origen de una torre de un solo cuerpo de 34 metros de altura, con un cuerpo de forma troncocónica construido a base de sillares vistos. Junto a él se encontraba la vivienda de los torreros. El faro de Trafalgar se iluminó por primera vez el 15 de julio de 1862 y tenía un alcance de unas 19 millas, producida por un aparato óptico de segundo orden.
Ante la necesidad de un mayor alcance de la luminaria, en 1923 se realizó un nuevo proyecto de aparato y linterna. La nueva maquinaria instalada sería de la casa Barbier, Bernard & Turenne. Al instalarse, se pudo comprobar que su estructura no podía soportar la carga, por lo que hubo que reforzar la torre con una envoltura de ladrillo según el proyecto de Julio Mururúa. Debido a la inestabilidad provocada por los fuertes vientos de levante, de nuevo se hubo de llevar a cabo una nueva reforma. Este nuevo proyecto lo realizaría Carlos Iturrate con la asesoría de Eduardo Saavedra Moragas entre otros y concluiría en 1929, adosando al fuste, ya anteriormente reforzado, unos contrafuertes unidos mediante arcos.
En 1936 se sustituyó el antiguo aparato óptico por otro de primer orden y la linterna por otra aeromarítima. En 1973 se instaló un radiofaro circular y recientemente se electrificó, llegando su alcance nominal actual a las 29 millas. Hoy día se proyecta la creación de un hotel en la vivienda inferior.