El objetivo general del Centro de Investigación de la Energía es el fomento de la investigación científica y técnica de excelencia, haciendo especial énfasis en el desarrollo de las energías renovables y la investigación en la estructura de la materia. Para ello el Centro fomentará la investigación básica y aplicada, y la transferencia de tecnologías a otros sectores productivos. Todo ello mediante la potenciación de sistemas, procesos y tecnologías que persigan la eficiencia energética y sostenibilidad medioambiental.

Uno de los objetivos fundamentales del Centro es apoyar la interrelación entre los grupos de investigación de la Universidad de Huelva cuya labor investigadora se engloba el sector de la energía, a la vez que realizar una gran inversión en infraestructuras científico-tecnológicas que potencie el desarrollo de sinergias y colaboraciones con otros grupos del entorno nacional e internacional. Estas nuevas infraestructuras deben servir para la captación de nuevos recursos destinados a I+D+i, y provocar un efecto tractor para el fomento de inversiones empresariales, tales como la implantación de empresas de alta tecnología y la creación de spin-off de base tecnológica (EBT) en la Universidad y en la provincia.

La actividad investigadora se centrará tanto en los aspectos tecnológicos y aplicados como en los puramente básicos, aprovechando el potencial de grupos preexistentes de investigación, provenientes de áreas de investigación tanto fundamental como aplicada, cuya sinergia e interacción interdisciplinar pretende potenciar y desarrollar el CIE. Respecto de la investigación básica, tanto experimental como puramente teórica, explorará aspectos relacionados con el conocimiento profundo de la estructura de la materia: atomos y moléculas, el núcleo atómico y la física de partículas elementales.

El nuevo centro de investigación permitirá la instalación de varias infraestructuras científicas, entre ellas, un acelerador de iones de alta intensidad que permita desarrollar un programa científico-tecnológico en el ámbito de la energía, la medicina, los nuevos materiales, el aeroespacio y la investigación básica.

La instalación de plantas experimentales para la producción de energía solar y eólica, junto a sistemas de almacenamiento basados en pilas de hidrógeno, permitirán disponer de una instalación singular a nivel internacional.

El Centro de Investigación de la Energía (CIE) se aprobó en el Consejo de Gobierno de la Universidad de Huelva de 20 de Diciembre de 2011, formado por más de 50 investigadores de la Universidad de Huelva y del Hospital Juan Ramón Jiménez (Huelva).