La estructura organizativa depende en primer lugar del Rector de la Universidad y del Vicerrector de Investigación. El centro se rige por sus Estatutos, aprobados en Consejo de Gobierno de la Universidad de Huelva de 20 de Diciembre de 2011.

El Centro de Investigación se organiza en Departamentos, cada uno de ellos constituidos por miembros de Grupos de Investigación del PAIDI, y las Unidades de Servicios Administrativos y de Servicios Técnicos, constituidas por Personal de Administración y Servicios (PAS). Los Departamentos contienen, según su tamaño y líneas de investigación, uno o más grupos de investigación.

Los órganos de Gobierno son:
- el Consejo de Gobierno, formado por los investigadores del centro o sus representantes.
- el Director o Directora
- el Subdirector o Subdirectora
- el Secretario o Secretaria
- los Coordinadores o Coordinadoras de Departamento

Asimismo, el gobierno del Centro de Investigación se apoya en los siguientes órganos consultivos:
- Comisión de Proyectos y Transferencia
- Comité Científico
- Consejo Consultivo


La mayor parte de los miembros del centro pertence a la plantilla permanente de la Universidad de Huelva y de los institutos colaboradores, tales como el Hospital Juan Ramón Jiménez de Huelva.