Situada en el antiguo polvorín, tras el banco Santander, la iglesia universitaria Santa María Sedes Sapientiae es el corazón del SARUH. Se configura como un espacio de oración para estudiantes, PAS y PDI y lugar donde tiene lugar la celebración de la Eucaristía en la universidad. Este encuentro entre los diferentes miembros de la comunidad universitaria para rezar y participar de los sacramentos favorece, además, la convivencia entre ellos.

En la iglesia universitaria, se halla una reproducción pintada del Santísimo Cristo de la Sangre de la Hermandad de los Estudiantes de Huelva, así como una copia exacta de la tilma de la Virgen de Guadalupe de México, queriendo resaltar con ello el papel de Huelva en la gesta descubridora y evangelización de América.

• De lunes a viernes, la iglesia está abierta todas las mañanas de 12 a 14 h, siendo este horario muchas veces ampliado en época de exámenes o en otras ocasiones.
• Semanalmente, los miércoles se celebra la santa Misa a las 8:25 h.
• Además, cada martes, el Santísimo Sacramento está expuesto para ser adorado de 14:30 a 15:30 h.