El procedimiento de la invención comprende las etapas de: oxidación y precipitación de hierro arsénico molibdeno y vanadio en un ambiente ácido generación de alcalinidad y precipitación de los metales trivalentes en un ambiente neutro la oxidación y precipitación de los metales trivalentes residuales la generación de alcalinidad en un ambiente básico y precipitación de los metales divalentes y neutralización del agua mediante el equilibrio natural con la atmósfera que permita el vertido a un cauce receptor. Dicho procedimiento se ejecuta mediante una instalación que comprende una laguna (1) receptora de las aguas contaminadas o efluente contaminado (7) un tanque de precipitación (2) con material reactivo y permeable que genera ambiente en condiciones neutras una balsa de precipitación-decantación (4) un tanque de precipitación (5) que genera condiciones básicas una laguna de neutralización (15) y unas cascadas de aireación (3 6 13) así como canales abiertos (8 y 8¿) para el trasiego de las aguas