La invención se refiere a un sistema para la manipulación de productos alimenticios comprendidos en envases a lo largo de una cadena de manipulación que comprende medios de transporte de los productos en envases (1216) a lo largo de la cadena de manipulación medios identificadores de los productos asociados a cada envase medios de captación de parámetros relacionados con los productos o con etapas de la cadena de manipulación (15131819) y medios para introducir los parámetros captados en los medios identificadores (17). De éste modo es posible obtener una identificación correcta de los productos así como un registro de todas las manipulaciones que se le hayan realizado reduciendo la intervención de operarios a lo largo de la cadena y acelerando el proceso de manipulación.