Procedimiento y sistema para el conteo y la estimación del tamaño y masa de aceitunas de forma automática que comprende las etapas de capturar una imagen de un conjunto de aceitunas donde dicha captura se realiza por una cámara comprendida en una campana de adquisición transformar la imagen RGB al espacio de color HSV inversión de valores y generación de imagen complementaria binarización de la imagen invertida por el método de Otsu procesado morfológico donde se elimina el ruido los pedicelos de los frutos segmentación individual de los frutos donde se aplica la transformada Watershed para la de detección de líneas divisorias post-procesado de segmentación individual de los frutos donde se elimina el ruido por sobresegmentación y las aceitunas que no están completamente contenidas en la imagen y obtención de datos de caracterización a partir de los cuales se obtienen las estimaciones de masa y tamaño correspondientes.