El Museo Pedagógico participa en numerosas actividades de divulgación y transferencia propias de la Universidad de Huelva. Actúa como importante conector de distintas acciones de la UHU: Jornadas de Bienvenida, Jornadas Puertas Abiertas, Noche Europea de los Investigadores, Semana de la Ciencia, Rumbo a la UHU, Programa de Voluntariado, Jornadas de Inclusión Universitaria, Semana de la Primavera del Aula de la Experiencia, Semana Internacional de la Universidad de Huelva, Seminarios de COIDESO… Y sirve como un potente espacio donde confluyen diferentes sinergias y laboratorios ubicados en la Facultad de Educación, Psicología y Ciencias del Deporte: Inclurec, MediaLab, Uniradio, Ciudad del Arcoíris…