La misión esencial del Museo Pedagógico es la de reunir, adquirir, ordenar, documentar, conservar, estudiar, exhibir y divulgar, de manera didáctica, fondos relacionados con la historia de las instituciones educativas. Sus principales funciones se vinculan a tres ámbitos de actuación:

1. Recuperación, conservación, muestra y exhibición de fondos museísticos de distintas épocas históricas, a través de cesiones, donaciones, depósitos y otras formas de adquisición.
2. Investigación sobre el patrimonio histórico-educativo. La investigación sobre diferentes aspectos de la historia de la educación y la documentación sobre recursos y espacios educativos constituyen labores esenciales, vinculadas a la recuperación de objetos escolares.
3. Transferencia científica y divulgación didáctica. El Museo difunde los resultados de la investigación y la recuperación de elementos históricos de la cultura material e inmaterial de la escuela. Organiza actividades didácticas y difunde novedades pedagógicas, fundamentadas, sobre las secciones del Museo que encuentran en la audiencia infantil y juvenil, audiencia escolar y alumnado universitario a sus principales destinatarios y aliados. Nuestro Museo recupera así el espíritu de los primeros museos pedagógicos, impulsando también la innovación pedagógica.