El Museo Pedagógico cuenta con más de 300 m2 de exposición permanente y se estructura en las siguientes secciones:
Esta zona del museo muestra la evolución de los materiales educativos desde finales del siglo XIX hasta el siglo XX, incluyendo recursos didácticos de distintas materias. Entre los objetos que se encuentran, podemos ver desde ajuar escolar usado por el alumnado y el profesorado hasta aparatos científicos como máquinas de electricidad estática o modelos anatómicos, recursos para matemáticas y geografía, microscopios, dispositivos audiovisuales, juegos didácticos y herramientas de escritura y reprografía. También refleja cambios sociales en la educación, desde la moralidad en los modelos anatómicos hasta métodos pedagógicos y elementos de disciplina escolar.
Destacan tres escenografías principales: las escuelas de amigas, los maestros cortijeros y un aula ambientada en el siglo XXI.
En esta zona se recogen libros escolares ordenados cronológicamente en distintas vitrinas. Se reúnen ejemplares de los años 1850-1923, coincidentes con hechos importantes para la historia de la educación como la Ley Moyano o la creación del Ministerio de Instrucción Pública. Además, se destinan algunas vitrinas para la Restauración Borbónica, la dictadura de Primo de Rivera, la República y el Franquismo. También se pueden encontrar revistas de educación o periódicos educativos de la prensa pedagógica de Huelva. Por otra parte, se encuentran vitrinas donde se agrupan los libros por ejes temáticos: La enseñanza en el “Antiguo Régimen” “El Nacionalismo” o “El Regionalismo ”, cultura andaluza, en el currículum, entre otros.