Su actual directora es la Profa. Dra. Inmaculada González Falcón, titular de universidad en el Departamento de Pedagogía de la Universidad de Huelva.

El Museo Pedagógico cuenta también con un Consejo Rector, órgano asesor formado en la actualidad por la vicerrectora de Proyección Universitaria, el Prof. Dr. Heliodoro Pérez Moreno, en representación de la decana de la Facultad de Educación, Psicología y Ciencias del Deporte, la directora del Museo Pedagógico, y la Profa. Dra. Miriam Martín Cáceres, en representación del profesorado de los distintos Departamentos con sede en dicha Facultad.

El Museo Pedagógico se integra en el Vicerrectorado de Proyección Universitaria de la Universidad de Huelva, liderado por la Profa. Dra. Joaquina Castillo Algarra.